Como miembro -fundador- del Grupo de Intervención y Rescate (GIR), Juan  Ruales es un comandante operativo. Así ha cumplido faenas poco conocidas, como el enfrentamiento con grupos irregulares  que se habían tomado las poblaciones de Chical y Maldonado, en la provincia de Carchi. En Guayaquil, desde que asumió las funciones de comandante -3 de junio de 2009-, a bordo de motos o en patrulleros ha dirigido operativos contra la delincuencia y para disuadir los enfrentamientos entre comerciantes informales y policías metropolitanos. También, en incursiones y allanamientos, como los de la bahía y sitios donde -según dijo- se venden objetos de dudosa procedencia. No obstante, Ruales originó una polémica con la Función Judicial y el Consejo de la Judicatura cuando dijo: “Parecería que algunos jueces están en contubernio con los delincuentes”. Esa declaración -ante los medios de comunicación-  le significó una amenaza de  juicio por injurias graves. Sin embargo, el oficial ha recibido el respaldo de la cúpula policial, de ministros de Estado, de policías en servicio pasivo y hasta de civiles.